皿屋敷中学的不良少年浦饭幽助终日无所事事，或与青梅竹马雪村萤子吵架拌嘴，或拿死对头桑原和真出气。某日，逃课玩耍的幽助从车轮下救起一位小姑娘，自己则被汽车撞死。他的举动出乎灵界的预料，因此得到一个复活的机会。经过一次次的考验，幽助最终在萤子和桑原的帮助下重返人间。在此之后，他成为一名灵界侦探，专门负责各种奇异的犯罪事件。在一次任务中，幽助又结识了化名南野秀一的妖狐藏马和盗贼飞影。所谓不打不相识，幽助...

位于东京的东都线地铁开通当日，一起针对东京都知事朝仓优一郎的炸弹袭击事件爆发，导致东都线列车损毁。经过一番推理，柯南（高山みなみ 配音）等人认定这与8年前朝仓主持负责的北之泽水坝的修建有关。当年为了修建大坝，朝仓动员北之泽村的人民搬入新村，可是仍有许多人反抗到最后阶段。为了探明真相，柯南、灰原（林原めぐみ 配音）、少年侦探团以及毛利小五郎（小山力也 配音）等人开赴白雪皑皑的北之泽。在这片纯净的雪国...

铃木园子的叔叔次郎吉不甘心失败，决定再次向怪盗基德发出挑战这位坏脾气的大叔斥巨资制造了巨型的飞船贝尔·雪利二世号，并以镶嵌有名贵宝石“天空的贵妇人”的戒指作赌注，邀请基德前来挑战，看他能否在东京到大阪的这6小时时间内完成这项困难的任务。柯南、小兰等人理所当然也接到邀请，甚至电视台的人也兴师动众前来。随着时间的流逝，双方的对决悄悄展开。另一方面，恐怖组织红色暹罗猫也登上了飞船。此前不久，红色暹罗猫袭...

工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛...

某天早晨，柯南（高山南 配音）被阿笠博士（绪方贤一 配音）叫到了棒球场此时厂商正在进行一场小学生之间的棒球赛，分属GUTS和TRYS两队的青梅竹马美苗（野中蓝 配音）和阿明（宫田幸季 配音）相互对抗。柔弱的美苗被阿明轻松击败，落寞的美苗不慎被什么东西绊倒，原来是一根半没于地下的球棒。阿笠博士说这是名将松井秀喜的球棒，传说能拔起它的将获得极高的棒球天赋。赛程过半，美苗的球队落后，她将责任都归到自己身...

秋高气爽，清爽时节柯南、毛利小五郎、目暮警官、阿笠博士、小兰等十几人受邀来到白鸟警官位于轻井泽的别墅度假。家境富裕的白鸟警官是一个葡萄酒收藏家，他的别墅内专门有贮藏各种名贵葡萄酒的酒窖。在参观过酒窖之后，众人开始各自行动。元太三个小孩在别墅内探险，小兰和柯南、平次、和叶在别墅周围散步。这里勾起了小兰和柯南往事的回忆。 天色将晚，众人纷纷返回餐厅，正当他们准备共进晚宴之时，却发现白鸟收藏的1961年...

某天，柯南因感冒在家休息，期间接到了灰原哀的电话原来灰原做出了APTX-4869的最新解药，虽然只是试制品，但一心恢复工藤新一身份的柯南仍然迫不及待赶往阿笠博士的实验室。服药后，新一终于回到原有状态，不过周遭的一切却似乎有所改变：博士院子里的树长高了，出现许多新的建筑物，体育老师变得苍老，班里的同学全是陌生面孔，甚至元太、光彦和步美也都变成高中生的模样。 他找到同样变成高中生的灰原，得知自己在过去...

在距离东京南部一千公里的小宅岛上，一家豪华酒店将迎来开业一周年的庆典，届时会场将展出名贵的钻石阿缇密斯之泪理所当然，这颗钻石吸引了怪盗基德的注意，他再次发出盗窃预告。虽然中森警部作了周密部署，却依然防不胜防，阿缇密斯之泪最终失窃。与此同时，柯南、小兰等人也受铃木园子之邀参加了酒店的周年庆典。中森警部的出现引起柯南警觉，他继而发现基德的计划。 狡猾的基德接连逃脱中森警部和柯南的围阻，不过却在少年侦探...

在一列从东京开往大阪的特快列车上，坐着一位尊贵而特殊的客人她是来自欧洲英格拉姆帝国女王莎莉贝丝，随行的还有其年幼的儿子菲利浦王子。女王拥有一颗欧洲最大的宝石——水晶之母，这也引起了怪盗基德的注意。为了防止基德得手，女王身边布置大批保镖和警力。中森警官是日本警方的总代表，而他的女儿青子以及基德的真身快斗也同在这列火车之上。 眼看离预定时间越来越近，快斗却始终没有找到宝石真正的藏匿地点。与此同时，国际...

老师给小学生们留了作业，让他们考察周边的店铺，并整理店家的业务性质和工作内容元太、灰原等人各抒己见，却始终没有统一的决定。最终光彦灵机一动，提议以少年侦探团的名义来采访毛利小五郎。侦探团的少年们童言无忌，口无遮拦，提出各种各样奇奇怪怪的问题，令小五郎实在难以招架。危急时刻，小五郎借口逃遁，而光彦、元太、步美、哀众人锲而不舍，小心翼翼尾随小五郎的身后，柯南也不得以跟随他们行动。粗心的大侦探只顾监视一...